Sua fundação é obra dos frades Carmelitas, religiosos que pertenciam à Ordem de Nossa Senhora do Carmo, que chegaram à Paraíba em 1591, tendo um papel importante na catequização dos indígenas locais. Foi iniciada em fins do século XVI, passando depois por fases de construção e acabamento. No livro O Barroco na Paraíba: Arte, Religião e Conquista pode-se ler: Erguida num ponto estratégico, do qual se tem, até hoje, uma visão privilegiada de toda foz do rio Paraíba.O local onde foi edificado o templo se situava numa área próxima a um aldeamento indígena, cuja conversão e catequese se constituíam num dos principais objetivos dos carmelitas, já que essas eram algumas das condições pelas quais a Coroa Portuguesa doava terras às ordens religiosas. Ora, era muito mais importante que se 'amansassem' os silvícolas, disponibilizando-os para o trabalho nos engenhos de açúcar, do que, efetivamente, se convertesse aquelas almas para o evangelho. Na época das invasões holandesas à Paraíba (1634–1654) os neerlandeses transferiram índios das localidades de Pontal e Jacuípe para a Guia, mas, não se adaptando, os autóctones abandonaram o local assim que puderam.Já em 1877, a igreja e seu entorno foram transformados em uma colônia para retirantes do sertão.

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